Quatro séculos no futuro, uma doença devastadora eliminou a maior parte da população terrestre. A cidade de Bregna é habitada por sobreviventes e governada por cientistas que controlam o local. Nesse cenário, um grupo rebelde liderado por Handler (Frances McDormand) conta com a participação da justiceira Aeon Flux (Charlize Theron), que é enviada em uma missão entre os cientistas. Durante essa jornada, ela desvenda os mistérios ocultos sobre a verdadeira situação do planeta.
